Prefekt studiów jest bezpośrednim moderatorem wykładowców mianowanych przez Biskupa Diecezjalnego. Do zadań prefekta studiów należy: układanie planu zajęć dydaktycznych i ich koordynacja; organizowanie egzaminów komisyjnych; załatwianie formalności immatrykulacyjno - eksmatrykulacyjnych; bezpośrednie zajmowanie się dokumentacja studiów; kontaktowanie się z Wydziałem Teologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie i innymi Seminariami Duchownymi; stały nadzór nad studiami i egzaminami alumnów; zastępowanie w razie nieobecności Wicerektora.

Obecnie funkcje Prefekta studiów w naszym Seminarium pełni

Ks. dr Maciej Maciukiewicz